При изучении причинно-следственных связей следует придавать большое значение методике исследования.
Надежное доказательство причинно-следственной связи возможно только путем тщательного проведения рандомизированного контролируемого испытания с соблюдением следующих условий:
1) наличие достаточного числа больных;
2) применение тройного слепого метода;
3) тщательная стандартизация методов сбора и анализа данных.
Метод рандомизированного контролируемого испытания позволяет избежать различий между сопоставляемыми группами как по известным факторам, которые можно учесть и другими способами, так и по вмешивающимся факторам.

Рандомизированные контролируемые испытания обычно используются для доказательства причинных связей при оценке методов лечения и профилактики. Однако, с помощью таких испытаний редко удается изучать причины заболеваний. Для этой цели служат обсервационные исследования.
В принципе, чем сильнее отличается методика исследования от рандомизированного испытания, тем меньше это исследование защищено от возможных систематических ошибок, и тем слабее доказательство причинно-следственной связи. С этой точки зрения более предпочтительно правильно выполненное когортное исследование, поскольку оно позволяет минимизировать систематические ошибки, возникающие вследствие отбора, измерений и влияния вмешивающихся факторов. Одномоментные исследования уязвимы, так как не обеспечивают непосредственных данных о последовательности событий. Истинные исследования распространенности — одномоментные исследования целой популяции, защищают от систематической ошибки, возникающей при отборе, но подвержены систематическим ошибкам, обусловленным измерением и влиянием вмешивающихся факторов. Исследования случай-контроль также подвержены систематической ошибке вследствие отбора. Наиболее методически слабы исследования серий случаев, поскольку в них нет ни заранее определенной популяции, ни группы сравнения.
Эта иерархия доказательности исследований, основанная на степени их подверженности систематической ошибке, дает только приблизительный ориентир для выбора. В процессе выполнения каждого конкретного исследования его достоверность можно существенно повысить или понизить независимо от типа исследования.