Даже если удалось избежать систематической ошибки при создании основной и контрольной групп, перед исследователем встает задача оценки достоверности воздействия после того, как заболевание или исход уже произошли. Исследования случай-контроль подвержены систематическим ошибкам при оценке достоверности воздействия. Это связано с тем, что воздействие оценивается после начала изучаемого заболевания или возникновения исхода. Различают три вида таких систематических ошибок:
1. Влияние исхода на воздействие.
2. Влияние исхода на воспоминания о воздействии.
3. Влияние исхода на оценку или регистрацию воздействия.

Систематическая ошибка первого вида особенно важна в ситуации, когда в качестве воздействия изучается лечение, поскольку решение о его назначении может быть продиктовано ранними проявлениями болезни. Это систематическая ошибка, вызванная наличием показаний к лечению. Обратимся к примеру. Исследование случай-контроль было проведено для того чтобы установить, предупреждает ли прием бета-блокаторов развитие инфаркта миокарда у пациентов, лечившихся по поводу артериальной гипертензии. Поскольку стенокардия — главное показание к назначению бета-блокаторов, авторы исключили всех пациентов с указаниями на стенокардию в анамнезе и с другими проявлениями ИБС. Результаты показали, что в группе больных с артериальной гипертензией, леченных бета-блокаторами, риск развития несмертельного инфаркта миокарда значительно снижался даже после исключения всех пациентов со стенокардией или другими проявлениями ИБС. 
Систематическая ошибка второго вида возникает из-за того, что воспоминания больных о воздействии изучаемого фактора отличаются от воспоминаний лиц контрольной группы. При всеобщей доступности сведений о возможном риске в связи с экологическими факторами или применением лекарств вполне естественно, что заболевшие люди лучше вспоминают факты, предшествовавшие развитию болезни, чем лица без соответствующего заболевания. Эту ошибку следует учитывать, когда оценка воздействия основана на сборе анамнеза.
Существуют две меры защиты от такой систематической ошибки. Во-первых, нужно иметь альтернативный источник той же информации — документы (история болезни или другие письменные данные) или результаты опроса родственников либо других осведомленных лиц. Во-вторых, цель исследования должна быть скрыта от обследуемых лиц. Разумеется, неэтично вообще не информировать их об общей сути исследования. Однако подробный рассказ о конкретных гипотезах может исказить получаемые результаты и тем самым привести к другому нарушению этики — вовлечению людей в бесполезный исследовательский проект.
Третья проблема — влияние исхода на оценку или регистрацию воздействия должна быть знакома всем, кто изучал приемы диагностики. Если врач, который обследует поступившего в стационар пациента с заболеванием почек, знает о возможной связи между применением нестероидных противовоспалительных препаратов и развитием почечной недостаточности, то можно ожидать, что он специально расспросит пациента об использовании анальгетиков и подробно зафиксирует эту информацию. Исследователь, знающий цель исследования и исходы у обследуемых лиц, может проявить предвзятость при сборе анамнеза. Меры предупреждения этого вида систематической ошибки те же, что и упомянутые выше: множественные источники информации и слепой метод сбора данных, т.е. тот, кто проводит сбор данных, не должен быть осведомлен о гипотезе, проверяемой в исследовании.