Можно сравнивать исследуемое лечение с обычным лечением. Это целесообразно и приемлемо с точки зрения этики только в том случае, если известно, что обычное лечение эффективно.
Таким образом, суммарный лечебный эффект исследуемого препарата складывается из четырех компонентов.
Для исследования специфического лечебного действия вмешательства целесообразнее всего распределять пациентов по группам случайным образом, т.е. путем рандомизации (randomization).

При этом назначение исследуемого или контрольного лечения про-изводится при помощи процедуры, аналогичной подбрасыванию монеты, обеспечивающей равные (или по крайней мере известные) шансы попасть в ту или другую группу. 
Рандомизация — оптимальный метод выбора лечения, так как позволяет избежать систематической ошибки при разделении пациентов на группы. Это означает, что пациенты одной группы будут в среднем обладать теми же характеристиками, что и пациенты другой. Достичь такого распределения в изучаемых группах всех факторов, связанных с прогнозом, независимо от того, известны они до исследования или нет, можно только посредством рандомизации.
В конечном счете при участии в испытании большого числа пациентов рандомизация обычно ”работает” так, как описано выше. Однако случайное распределение не гарантирует, что все группы действительно будут одинаковыми. Хотя процесс случайного выбора лечения свободен от систематической ошибки, результат все же может оказаться смещенным. Различие между группами может возникнуть просто случайно, особенно если число включенных в исследование пациентов невелико. Для того чтобы оценить, не случилось ли такое ”невезение”, авторы рандомизированных контролируемых испытаний часто представляют таблицу, в которой сравнивается частота различных характеристик (особенно тех, которые заведомо связаны с исходом) в экспериментальной и контрольной группах. Всегда необходимо убедиться в том, что важные характеристики пациентов распределились практически одинаково между группами сравнения. Если же имеются некоторые различия, то их можно оценить и попытаться нивелировать при анализе.
По мнению некоторых исследователей, для снижения вероятности ”невезения”, следует до рандомизации убедиться в том, что по крайней мере некоторые характеристики, о которых известно, что они сильно влияют на исход, встречаются в экспериментальной и контрольной группах с одинаковой частотой. Для этого предлагается сначала распределить пациентов по подгруппам с одинаковым прогнозом и только затем рандомизировать их отдельно в каждой подгруппе — такой процесс называется стратифицированной рандомизацией (stratified randomization). При этом подходе группы обязательно должны получиться сравнимыми по характеристикам, использованным при формировании подгрупп. Другие исследователи возражают, утверждая, что различия, случайно возникающие в результате ”невезения”, как правило, незначительны, и с ними можно справиться математическими методами уже после того, как данные собраны.

Различия, возникающие после рандомизации

Не все пациенты участвуют в клиническом испытании в соответствии с его первоначальным планом. Например, может выясниться, что у некоторых больных нет изучаемого заболевания, как считалось при включении их в испытание; другие прекращают контакт с исследователем, не принимают назначенных препаратов, выбывают из-за побочных эффектов или других заболеваний, по тем или иным причинам получают лечение, предписанное другой группе, или не применяемое в данном исследовании. В итоге сопоставимость групп, достигнутая в результате рандомизации, нарушается к тому времени, когда необходимо анализировать исходы.