Возможность систематической ошибки существует при любых наблюдениях. Систематическая ошибка в когортном исследовании, независимо от того, изучается риск или прогноз, может создать видимость различий, когда в действительности их нет, либо скрыть различия, которые на самом деле существуют.
Обнаружить систематическую ошибку легче, если знать, где наиболее вероятно ее возникновение в ходе исследования.

Во-первых, важно определить, может ли систематическая ошибка вообще присутствовать при данных условиях исследования. Во-вторых, нужно установить, имеется ли она в данном исследовании. В-третьих, следует решить, вызовет ли эта ошибка клинически значимое искажение результатов. Если результаты не будут искажены слишком сильно, это позволит избежать неверных выводов и опасных последствий. Некоторые характерные источники систематических ошибок в когортных исследованиях показаны и описаны далее.
Систематическая ошибка, возникающая при формировании выборки
Один из видов систематической ошибки возникает в процессе формирования когорты, когда группы пациентов, включенных в исследование, отличаются друг от друга по иным характеристикам, нежели изучаемые факторы. В этом случае результат может определяться именно этими не изучаемыми в исследовании характеристиками.
Систематическая ошибка, возникающая при формировании выборки в прогностических исследованиях, может быть обусловлена одним или несколькими различиями между когортами, включая тяжесть заболевания, наличие сопутствующих заболеваний, стадию развития болезни, предшествующее лечение. Следующий пример иллюстрирует, как эта ошибка была выявлена в исследовании по оценке прогностической значимости сывороточного карциноэмбрионального антигена (КЭА) у больных раком толстой кишки.
Пример. Повышенные уровни КЭА обнаружены для нескольких типов рака, включая рак толстой кишки. Было проведено исследование, для того чтобы определить, возможно ли предсказание по дооперационным уровням КЭА рецидива заболевания после удаления опухоли. Уровни КЭА коррелировали со стадией заболевания, обычно оцениваемой по классификации Dukes: А — опухоль ограничена стенкой кишки, В — опухоль прорастает стенку кишки, но не поражает лимфатические узлы, С — вовлечены регионарные лимфатические узлы, D — опухоль дает отдаленные метастазы. Средние уровни КЭА изменялись в зависимости от стадии заболевания следующим образом: 4 нг — стадия А, 9 нг — стадия В, 32 нг — стадия С и 251 нг — стадия D. Как стадия процесса, так и уровни КЭА хорошо прогнозировали рецидив заболевания. Однако является ли уровень КЭА самостоятельным прогностическим признаком, независимым от стадии заболевания, или вероятность рецидива зависит только от стадии по Dukes? Для ответа на этот вопрос была исследована связь между дооперационными уровнями КЭА и рецидивами в пределах каждой стадии по Dukes. Для стадии В уровни КЭА независимо предсказывают рецидив. Аналогичные результаты получены для стадии С. Следовательно, связь между уровнями КЭА и вероятностью рецидива рака толстой кишки нельзя свести к систематической ошибке при формировании выборки, по крайней мере для стадий В и С, т.е. уровень КЭА является важным независимым прогностическим фактором.