Диарея встречается у 30—40 % пациентов и является частой причиной прерывания питания через зонд. (Интересно отметить, что диарея встречается у такого же процента пациентов в отделениях интенсивной терапии, которые не получают зондового питания.)
Большинство случаев диареи вызвано не самим энтеральным питанием, а параллельным использованием других лекарственных препаратов, гипоальбуминемией, основным заболеванием (например, гипертиреозом) или инфекцией тонкой кишки.
Если невозможно определить другую причину диареи, уменьшить частоту последней может снижение вводимого объема, осмолярности и содержания углеводов. Поскольку часто встречается отсутствие толерантности к лактозе, клиницист должен удостовериться, что вводимая пища не содержит лактозы.

В качестве контрмеры к питательному раствору добавляют пектин.
В отделениях интенсивной терапии причинами диареи нередко являются вызванный антибиотиками колит и инфицирование Clostridium difficile.
У больных, получающих питание через зонд, диарея может быть следствием бактериального инфицирования, поэтому препараты для питания через зонд должны храниться при комнатной температуре не дольше нескольких часов.
Следует регулярно промывать чистой водой мешки, трубки и зонды для введения питания и использовать надежные методы мытья рук при подготовке и введении энтерального питания, хотя нет доказательств того, что такие меры предупреждают диарею.
Назогастральные зонды часто закупориваются и требуют замены.
Этого можно избежать, если не вводить крупные фрагменты таблеток и промывать просвет зонда водой несколько раз в день.
Установки питательных зондов малого размера с использованием металлических проводников по возможности следует избегать, поскольку такие зонды опасны: осложнениями являются перфорация желудка и трансларингеальное введение зонда в легкие или в плевральную полость.
Нейтрализующее воздействие энтерального питания на рН может стимулировать рост патогенных бактерий, вызывающих желудочно-кишечные и легочные инфекционные заболевания.
Как это ни парадоксально, смеси, содержащие клетчатку, иногда вызывают фекальное ущемление из-за гипокинезии ободочной кишки и плохой перевариваемости волокон клетчатки.
Правильный диагноз затруднителен, так как у пациентов часто возникает обильная диарея, а ущемление наступает в поперечном или нисходящем отделе толстой кишки, недосягаемом для ректального исследования.
После того как диагноз подтвержден рентгеновским исследованием брюшной полости, с успехом применяют слабительные средства.